基因合成FAQ

• 与传统PCR克隆相比，基因合成有什么优点？

  基因合成有如下优点：

  • 密码子优化技术（中国专利号：ZL 201980050408.0）提高了蛋白的表达量及可溶性；
  • 成本效益低，通过普通PCR克隆方法构建组织特异性cDNA文库是费时费钱的；
  • 基因合成获得的基因无突变、准确，普通PCR产生非预期结果的可能性大，从而影响后续实验的进行；
  • 不需要依赖模板以及酶切位点。
• 黄金城集团基因合成服务的优势有哪些？

  黄金城集团基因合成服务主要竞争优势：

  • 先进的基因合成平台：可以合成任何基因，包括含重复序列（重复次数无限制）、高GC含量、发夹结构、连续单一碱基重复等富含特殊结构的复杂基因；
  • GenSmart密码子优化技术：提高了蛋白表达量及可溶性，促进蛋白正确折叠；
  • CloneEZ“无缝”克隆技术：以克隆系统为基础的新一代CloneEZ“无缝”克隆技术能够在30分钟内精确有效地将基因克隆到任何载体；
  • 成本效益：为客户提供具有竞争力的价格，帮助客户减少预算支出；
  • 客户信息安全保证：黄金城集团基因合成周期短，特有的安全制度保证客户的信息安全，公司严格按照与客户签定的基因合成服务协议和保密合同执行服务；
  • 良好的客户信任度：服务质量可靠，提供DNA测序结果，准确合成，序列准确无误。黄金城集团为客户合成的许多基因，在其发表的高水平文章中得到引用。
• 黄金城集团能合成多长的基因？

  没有长度限制，黄金城集团可为您合成长达10kb及以上的基因序列。且黄金城集团已挑战合成成功的基因有：长达200kb的基因；>70%高GC含量或<30%低GC含量的基因；重复片段基因；强二聚体结构的基因；含100多个连续腺嘌呤的基因 (aaaaaaa……)等几千种复杂基因。

• 密码子优化有必要吗？

  对于用于蛋白表达的基因来说，多数情况下是有必要的。如真核生物的基因需要在原核生物中表达。由于真核生物的密码子偏好和原核生物有很大不同，对基因进行密码子优化将显著提高表达效率。

• 如需基因优化，我需要提供哪些信息？

  若需基因优化，黄金城集团需要您提供如下信息：a.被优化的基因序列或者蛋白序列；b.优化的宿主；c.基因两端需添加的酶切位点或者基因内部需去除的酶切位点；d.是否需要特定的终止密码子；e.是否需添加Kozak序列，对于哺乳动物系统黄金城集团一般建议您添加Kozak序列。

• 如想在两种不同的宿主中表达目的蛋白，黄金城集团是否能够在两种宿主中进行优化？

  可以。黄金城集团的优化工具可以帮助您同时针对两个不同宿主物种进行基因优化。该工具可同时载入两个宿主的密码子偏向性和顺势作用元件等优化参数，双宿主优化算法会搜寻两个宿主表达的平衡点，以求在两个宿主中都可以得到令人满意的蛋白表达量。但是在两个宿主物种的亲缘关系比较远等情况下，双宿主基因优化则很有可能在两个宿主中都得不到理想的优化结果。如果您在您的双宿主优化结果中发现了CAI小于0.80，大量顺势作用元件没有被过滤掉，或其他可能影响基因表达的现象，黄金城集团推荐您针对两个宿主分别使用黄金城集团的单一宿主优化方法。

• 在大肠杆菌表达系统中，哪种终止密码子具有偏好性？在哺乳动物系统中呢？

  在大肠杆菌中，TAG很少用；经常使用的是TAA；TGA也可以。在哺乳动物中，TGA的使用频率高于TAA和TAG。相对于哺乳动物和大肠杆菌之间的不同，密码子使用表在哺乳动物不同有机体间的区别不是很大。

• pUC57-simple和pUC57这两载体有什么区别？在什么情况下，黄金城集团建议使用pUC57-simple载体？

  a.pUC57-simple载体在pUC57载体基础上去除了MCS区，仅保留了NdeI和EcoRV两个常用酶切位点；b.黄金城集团免费提供pUC57标准载体。通常来说，合成的基因将被克隆进标准载体的Sma I或EcoR V位点。如果客户要求避免一些载体上常用的酶切位点以方便后续的亚克隆需求，黄金城集团建议客户使用pUC57-simple载体。

• 黄金城集团可以将合成的基因克隆到我指定的载体吗？

  可以。如果您需要将合成的基因克隆到您指定的载体上，需要您提供载体相关信息并寄送相应质粒载体。

• 基因合成服务提供的数据报告包含哪些文件，每个文件需要使用什么软件打开？

  您所收到的基因合成服务数据报告是RAR格式的压缩文件，可以使用Winrar（4.0以上版本）打开，数据报告共含有4 类文件，分别为：

  • Seq格式文件——根据您提供订单序列生成的目标序列文件，可以使用DNASTAR 软件打开；
  • abi或ab1格式文件——测序彩图，可以使用Chromas 软件打开；
  • SQD格式文件——将目标序列（Seq）和测序结果（abi或ab1）对比得到的Alignment文件，该文件可以使用DNASTAR 打开；
  • PDF 格式文件——此类文件一般有2个，1个是质粒图谱，1个是QC文件。
• 如何使用黄金城集团基因合成交付的质粒、甘油和穿刺菌？

  质粒使用方法：

  • 所提供的质粒进行了真空冷冻干燥，干燥后的质粒呈薄膜状或粉末状附在离心管底部，使用前请先离心再小心开启，以免丢失；
  • 标签上已注明质粒抽提的方式和质粒的量，对于正常订单，通常使用质粒小抽方法进行抽提，通过紫外分光光度计在260nm波长下进行定量。所供质粒保证OD260/OD280在1.80～2.0之间，满足一般的分子生物学实验要求，如PCR 扩增、酶切、转化和测序等；
  • 提供4μg冻干质粒DNA（低拷贝1μg冻干质粒DNA），建议用40μL灭菌后的双蒸水或10mM pH8.0 的TE缓冲液来溶解，溶解后的质粒浓度为100ng/μL。您也可以根据实验需要来溶解质粒；
  • 溶解后的质粒请于-20℃保存，并请避免反复冻融。

  甘油菌/穿刺菌使用方法：

  • 甘油菌可在-80℃长期保存；穿刺菌请在4℃保存，保存周期为两周左右；
  • 甘油菌/穿刺菌使用，建议在使用前进行复苏处理，可以先用接种针挑取穿刺菌丝或蘸取甘油菌，在带有对应抗性的平板上划线，也可以用甘油菌直接涂布复苏，第二天再挑取生长正常的菌落接菌扩大培养，可以提高摇菌的效率和成功率。一般不建议使用穿刺菌或者甘油菌直接大批量接种培养。

  其他注意要点：穿刺菌和甘油菌开盖后极易污染，使用过程请注意无菌操作，避免交叉污染；其次是保存条件和摇菌条件；质粒和甘油菌尽量不要反复冻融。

• 密码子优化过的基因，黄金城集团是否还提供蛋白表达服务？

  黄金城集团同时可为合成的基因提供蛋白表达及纯化服务。黄金城集团提供四大蛋白表达系统：原核蛋白表达系统、酵母蛋白表达系统、杆状病毒-昆虫细胞蛋白表达系统及哺乳动物细胞蛋白表达系统。