多肽被认为是药物开发的理想靶点(Otvos & Wade)，可用作调节剂，如激动剂、拮抗剂、疫苗和抗体，或用作细胞毒性剂、放射性同位素和核糖核苷酸的载体。尽管多肽已被成功开发出胰岛素等药物，但因为其递送方式不理想，且容易酶解，使其在药物开发方面仍无法与小分子竞争。
近年来，由于小分子药物的限制、多肽特性的发现以及多肽相关技术的进步，研究人员对于多肽作为理想药物靶点重新产生了兴趣。现有药物抗性的提高、缺乏靶点特异性、当前治疗药物递送方法不理想、新病原体的出现、新疾病形成机制的发现以及药物的副作用，这些都限制了非多肽药物的应用。但是多肽具有低毒性、生物相容性、高靶点特异性和细胞渗透性，这些均为治疗药物的理想特性。更重要的一点是，多肽设计、合成和分析技术的进步对于克服多肽的大部分药效学缺点提供了极大的帮助(Firer & Gellerman)。此外，通过高通量多肽文库筛选，有助于加快新候选药物的发现和验证进程(Craik et al.)。
治疗性多肽的设计灵感来源于天然多肽。生物活性多肽在生物体内或体外发挥不同的生物学功能。例如，可干扰靶蛋白的神经传递的毒液多肽已成功用于疼痛、心血管疾病、糖尿病和癌症的治疗(Lewis& Garcia)。利钠肽是在大脑和心脏等组织中表达的另一类多肽，可同时用作生物标志物和治疗药物(Ichiki & Burnett; Meems & Burnett)。
然而，天然多肽药物受到其广泛的肾清除率、非特异性组织吸收和酶降解敏感度的限制，生物信息学和多肽合成技术的发展有助于克服这些限制。因此，对生物活性肽及其药理作用前景的系统分析已成为“多肽组学”这一新兴领域的基础，利用这种分析生成的大规模的数据组可用于特定的氨基酸修饰，从而提高多肽类药物的递送和功效。此外，还可以采用多靶点方法实现更有效的个性化治疗，在该方法中，一种多肽类药物可刺激多种生物学过程(Fosgerau & Hoffman)。多肽在药物发现和开发领域的临床应用颇具前景，使得“Peptides for Drugs”而不是“Peptide to Drug”的概念引起热议（Uhlig et al.）。
